補足です。

具体的には、初めてリレーションを作成したときに「下-左」に線を描いていたものが、
制約物理名を指定したときに「自動」に戻ってしまうという感じです。
その後、当該リレーションではこの現象は起こりませんでした。

『2.線の描き方を「自動」から「縦-横」に変更』は、リレーションシップの線を右クリックして変更しました。

「プロパティ画面を開いたまま、リレーションシップを右クリックして、「縦-横」に変更した後、プロパティ画面から適用を押下すると、プロパティ画面の線の描き方は「自動」のままなので「自動」に戻ったりする」というのは確かにその通りの動作になりましたが、この手順は行った記憶はなく・・・

Version 2.18.0 beta 29 で発生していたのですが、再現しなくなりました。
beta 30 でも再現しませんでした。
また再現したらご報告いたします。