すみません時間が取れずメモ書きになってしまいましたが、
MySQL派生のMariaDB 10.3でcollateで照合順序を書き換えた場合に本現象が起きていました。
A5MK2は2.14.3および2.15.0b19にて確認できました。
データの単体エクスポート、一括エクスポートの違いはOracle11やSQLServer2016で
単体エクスポートの改行文字を含んだデータが正常にエクスポート→インポートできないという問題が発生しましたが、
3月頃なのと現在確認できる環境がないのと、ハッキリとしたデータやバージョンを思い出せないのでもしかしたらもう治っているかもしれません。
もし出力するルートが違うなどあればという感じです。