前回の投稿にも載せているのですが、列の順番を変更したことが影響しているのではと考えております。
下記に具体的な経緯、事象を記載させていただきます。
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■経緯
A列、B列（主キー）という列定義のテーブルがあり、
B列、A列という順番に定義を変更したかったためA列を一度削除し、B列を追加しました。
なお、A列を一度削除した理由は、PostgreSQLでは列の順番の変更方法をググっても見つからず仕方なくそのように致しました。
■事象
順番変更前：
①A列
②B列　赤色
順番変更後：
①B列　黄色
②A列　赤色
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①B列　赤色
②A列
となる想定だったのですが、
主キーであるB列は黄色となり、主キーでも必須でもないA列が赤色となってしまっております。
よろしくお願い致します。

松原さん、迅速なご対応ありがとうございます。
　
お忙しい中、そして他の多くの対応をされている中で本件にも目を向けていただいていることに深く感謝いたします。
　
さっそく Version 2.14.0 rc8 を使用して確認させていただきました。
結論としては、デグレとなり残念ながら完全には直りませんでした。
information_schema ではダメなのかもしれません。
現在、解決法を模索している段階でして提案にはまだ時間を要するため、
Version 2.14.0 のリリース（2019年1月頃）からは外していただくのが賢明だと考えております。
　
以下の 3 つの観点の組合せ 12 ケースを予定して順に確認しておりました。
①テスト環境、本番環境
　×
②問題のあったテーブル、なかったテーブル
　×
③テーブル、カラム、ソース タブ
　
①の観点の本番環境で主キーの背景色が赤くなりませんでした。
（Version 2.13.3 では正常に表示されています。）
テスト環境では問題なく直っておりました。
そもそもなぜテスト環境、本番環境の 2 つの環境で確認することにしたかといいますと、
私も開発用に小さなツールを作成していまして、
主キーを取得する仕組みを当初 information_schema を使用して実装したのですが
本番環境だと information_schema の情報が 1 レコードも取得できないことに気づき実装方法を変更した経緯があったためです。
　
自作のツールでは暫定対応として
SELECT * FROM テーブル名 WHERE 1 <> 1
というクエリを投げて各カラムの NpgsqlDbColumn.IsKey プロパティを見てテーブルの主キーとしています。
（Npgsql という PostgreSQL データベースサーバに対する .Net データプロバイダを使用しています。）
本来はシステムカタログや information_schema から取得するのが当然で
A5:SQL Mk-2 のような広く認知されたすばらしいツールにはとてもお勧めできる手法ではありません。
　
また、松原さんが採用している pg_index 等のシステムカタログから取得する方法に間違いはないように感じております。
　
お手数をおかけしておりますが、
私の方で引き続き原因の特定、解決できる SQL をご提案させていただくように致します。
どうぞよろしくお願い致します。