バージョン:2.20.0 bata 20での状況です。
1.複数のSQLを実行し、それぞれでフィルタを設定。
2.結果タブを切り替えた場合は設定したフィルタ状況が保持されている
3.「すべての結果セットをExcelへ出力」を実行した場合、現在アクティブな結果セットはフィルタが適用されているが、それ以外は全件の出力となっています
 ※タブ切り替えをした場合、フィルタは保持されたまま。
  Excelの出力結果のみ、フィルタが解除されている状況です。
また、ショートカット(Ctrl + Shift + L)ですが、SQLエディタ内では無効になっていおるようです。
SQLエディタ上
 Ctrl + Shift + L → NG
 Ctrl + L → OK
フィルタ入力位置
 Ctrl + Shift + L → NG
 Ctrl +  L → OK
結果セット上
 Ctrl + Shift + L → OK
 Ctrl +  L → OK