HIRA さんこんにちは。
お返事が遅くなり申し訳ありません。こちらでいろいろ試したのですが再現できません。
じつのところ、内部的には、いったん改行コードをCRで生成している部分があるのですが、最終的にSQL整形処理が行われ、CRLFになります。
もしかすると、SQL整形処理がうまく動作していないかもしれないので、いったんオプション画面の「SQL整形」タブで「デフォルトに戻す」ボタンを押してみてください。
(「すべてデフォルトに戻す」ボタンではなく「デフォルトに戻す」ボタンのほう)
これで、動作が変わらないでしょうか?