起動パラメータを以下のようにして実行しました。
・ポータブルワークスペースを使用
・SetDBでパスワードを含むが、パスワード保存Falseの設定をしたConnectionString
・最後にConnect でSetDBでセットしたDBに接続する
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/Workspace <ワークスペース名>:Portable /DelAllDB /SetDB $dbname=__ConnectionType=Internal;ProviderName=PostgreSQL;SavePassword=False;UseUnicodeMetaData=True;ServerName=<サーバ名>;Port=<ポート番号>;Database=<DB名>;UserName=<DBユーザ名>;Password=<DBパスワード>;DBType=PostgreSQL;ProtocolVersion=30;SSLMode=Allow;SSLTrustServerCertificate=True; /Connect <DB名>
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その後、A5M2.exeを終了させてから再度起動し、同じワークスペースを開き、SetDBで作成したDBをダブルクリックして接続ダイアログを開くと、
パスワードは空欄だが、接続ボタンをクリックすると接続できてしまいました。

不具合かなと思われます。ご確認していただけると幸いです。
また、何か設定面で怪しい箇所があればご教授いただけると幸いです。