ddddchiさんこんにちは。
MySQL 8で検証したのですが、上述の2個目のtimestampカラムが 0日時で初期化されるという挙動は確認されませんでした。バージョン間の挙動の違いでしょうか…。
なお、ER図のリバース生成生成時はデフォルト値の指定があれば、入ってくるはずなのですが、うまく動作していないのでしょうか?。
テーブルエディタの「カラム」タブは正しくデフォルト値が表示されますでしょうか?。A5:SQL Mk-2では「show columns from xxxx.yyyy」形式でカラムの定義を取得します。