くにぴょんさんこんにちは。

SQLの実行ログが暗号化されるのはポータブルモードのデフォルトの動作です。これはポータブルモードが「本来は」USBメモリなどに保存して運用されることを前提としており、USBメモリを紛失してもSQL実行ログなどが漏洩しないようにする対策です。
（このことから、起動パスワードも推奨になっています）

現在のVersion 2.13.0系のベータ版では、オプションダイアログの「SQL」タブで「ログを暗号化する（ポータブルモードのみ）」のチェックをOFFにすると、暗号化されなくなります。