初心者さんこんにちは。
　
データ抽出中(SELECT文？)の強制終了についてですが、基本的には問題ないと思います。OracleやPostgreSQL, MySQLなどのDBサーバーが別にあるDBについては、ほぼ確実に問題ないです。
　
問題は MS AccessやSQLiteのようにDBサーバーがなく、単にローカルファイルがDBになっており、サーバープロセスが存在しないタイプのDBです。この場合も、SELECT文の実行のみならば、おそらく問題はないかと思いますが、insert, update, deleteのようなDBを書き換えるステートメントの場合はDBを破壊する可能性もあり得るとは思います。