ソルトさんこんにちは。
　
このメッセージはER図ファイルが壊れたときに出力されるメッセージなのですが、オプションダイアログで、[ER図]タブの[初期作成時のテンプレート]に何かER図ファイルが指定されていませんでしょうか？。そのファイルが壊れている可能性があります。
　
テキストエディタなどで開き、該当リレーションシップを削除すると直るかと思います。