よねさんこんにちは。
　
設定が引き継がれないのは、「ポータブルモード」をご利用でしょうか。（初回起動時に選択画面が表示されたはずです。）
　
通常モードではレジストリに記録されるため、何もしなくても設定が引き継がれます。ポータブルモードの場合は、古いバージョンのフォルダ内に、Portableフォルダがあるはずなので、Portableフォルダごと新しいバージョンのフォルダへコピーしてください。
　
あと、readme.txtにも記載するようにします。
　
以上よろしくお願いいたします。