xyさんこんにちは。
　
A5:SQL Mk-2 では自動インクリメント型のカラムも含めてインポートします。これはCSVで新しく自動インクリメント値を割り振ってしまうと、他のテーブル（つまりCSV）から参照される主キー値と整合性が取れなくなってしまうためです。

現状これは仕様となります。マスタのみのCSVインポートのみですと、必ずしも自動インクリメント値の整合性は考えなくともよいので、少しこれは改善の余地があるかもしれません。