こんにちは。
いつも大変便利に利用させていただいております。

論理削除された行をグレー表示する機能が操作手順によって動作しない場合があります。
A5:SQL Mk-2 x64 Version 2.22.0 beta13で確認。

グレー表示が行われない操作
(1)A5:SQLを起動
(2)任意のテーブルを開く
(3)データタブの「論理削除行をグレー表示」にチェック
(4)論理削除無効表示の条件式画面がポップアップしない
(5)条件式ボタンをクリックし条件を入力しOKボタンクリック
(6)データタブのレコードで条件に合致する論理削除行のグレー表示が行われない
(7)メニュー「テーブル」→「論理削除行をグレー表示」にチェックマークがついていない
(8)データタブの「論理削除行をグレー表示」にチェックをON/OFF繰り返しても表示変わらず

グレー表示が行われる操作
(1)A5:SQLを起動
(2)任意のテーブルを開く
(3)メニュー「テーブル」→「論理削除行をグレー表示」を選択
(4)論理削除無効表示の条件式画面がポップアップするので、条件式を入力しOKボタンクリック
(5)データタブのレコードで条件に合致する論理削除行のグレー表示が行われる
(6)データタブの「論理削除行をグレー表示」にチェックをON/OFFにより論理削除行のグレー表示が切り替わる

一度メニューでの操作を行うと、その後はアプリ終了までデータタブのチェックボックスでの切り替えも正常動作するみたいです。