Version 2.21.0 beta 3に確認してみましたが、まだできていないようです。
1.今DBにはすでにcreate unique index users_id_lower ON users(lower(id));を使って関数Indexを作成しておきました、テーブル詳細のインデックスタブに当該users_id_lower のカラムリストにlowerだけ表示されています、lower(id)を期待しています。
2.ER図のエンティティプロパティのインデックスとユニーク制御列に lower(id) を確認できましたが、メニューのERのDDL生成すると、「lowerはusersの列名ではありません」というようなエラーメッセージが表示されています。
ご確認いただければ幸いです