ほーりさんこんにちは。
　
ポータブルモードの話ですよね。ポータブルモードの設定ファイルは暗号化されて保存されますが、設定ファイルが壊れたときに発生する現象です。
　
OneDriveなど、ファイル同期アプリケーションなどとバッティングしてファイルが破壊されることがあるようです。A5:SQL Mk-2の様々な操作ごとに設定ファイルに書き込みを行うのですが、この際にファイルアクセスのバッティングを起こしているような？印象です。
　
大変申し訳ないのですが、ファイルが壊れた場合、復元はできないかと思います。