こんにちは。使わせて抱いています。

使用環境
A5:SQL Mk-2 Version 2.13.1 beta4 (64bit edition)
OS:Windows10

上記環境にて、自己参照関係のリレーションを作成すると、その自己参照のリレーション線が選択できませんでした。選択できないためフィールドの削除ができないようです。

なお、エンティティプロパティダイアログの属性（列）タブで、該当フィールドを削除しようとしても「リレーションシップで外部キー(FK)に指定されている列は削除できません。」というメッセージはでます（これは想定内かと思います）。

追記
・Version 2.13.0 (64bit edition)でも私の環境ではおきました。