「変更した」の検知が検知する時としないときがあります、もしかしたらundo/redoが噛んでいる可能性もある気がするのですが、なぜ起きるのかわかりません。2.18.0b32よりもまえで
編集後は必ず問い合わせポップアップが起きた条件でも、ポップアップが発生しなくなった条件が
なぜか増えているということですおそらくはなんらかの変更を行った　のフラグへのアタッチがどこかでおかしくなるまたは何らかの形で無理やり別の値が上書きされている恐れがあります。
リレーションの線のプロパティでどのキーをリレーションするか、などのドロップダウンリストの値を変更したとき、テーブルの必須(not null)のチェックを変えて undo/redoを繰り返したとき　などに該当します