uraさんこんにちは。
A5:SQL Mk-2ではPostgreSQLの件数制限にlimitを付加して実現しています。ただし、元からlimit句のついたSQLの場合はそちらを優先し、A5:SQL Mk-2の件数制限は無効化される仕組みです。
どうもそれがうまく動いていないようですが、接続は「直接接続」でしょうか?それともODBCドライバを使用しておられますでしょうか?。ODBCドライバの場合は、「直接接続」もお試しいただければと思います。
「直接接続」で問題が出ているようであれば、オプションダイアログの「データベース接続」タブの「結果セット最大件数」を0に設定してみてください。
以上よろしくお願いいたします。