niitsuma さん、kh さんこんにちは。
version 2.18.0 beta 34 で、SSH/SSL接続ライブラリをバージョンアップしました。(Devart SecureBridge 9.4.1 → 10.1.1)
9.5.1 の更新履歴に、
* Bug with verifying the RSA key and rsa2-sha256 signature algorithm in TScSSHServer is fixed
と記載されているので、もしかしたら治っているかと思うのですがいかがでしょうか?
あとは、オプションダイアログから PuTTY を指定できるのですが、PuTTYを使えば(PuTTYのバージョンにもよりますが)、RSA/SHA-256/512 で接続できるかもしれません。