ショウさんこんにちは。
/RunSQLのときの出力先フォルダを指定する明確な方法はないのですが、/FilePattern オプションを使用することで、指定することができます。
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A5M2cmd.exe /RunSQL … /FilePattern=OutputFolder\Query-${num}.csv |
出力先フォルダを相対パスまたは絶対パスで、含めて /FilePattern パラメータを指定します。
なお、出力先フォルダは /FilePattern パラメータとは別に指定できた方が良いと思うので、Version 2.17系では /OutputFolder パラメータを追加したいと思います。