carolさんこんにちは。

オプションダイアログの「SQLファイルのデフォルトエンコーディング」は新規保存時に初期表示するエンコーディングを指定するための設定です。

読み込みについては、エンコーディングの判断をファイル先頭 1024bytesを読み込んでで行っていたのですが、とりあえず Version 2.14.0 beta 2で 10240bytesで行うように修正してみました。ただ、エンコーディングの判断に使える文字が少ない場合、やはりエンコーディングの判定を誤ってしまう可能性はあるような気がします。