SQLite3で外部キー制約の表示だけおかしいと思える状態です。
再現手順は下記となります。

a5m2(2.17.2)で、SQLite3ファイルに接続して、[新規]->[SQL] で、下記のクエリで2つのテーブルを作成します。

CREATE TABLE m_prefectures
(
prefecture_id INTEGER NOT NULL
,prefecture_name TEXT NOT NULL
,prefecture_name_kana TEXT NOT NULL
,CONSTRAINT pk_m_prefectures PRIMARY KEY (prefecture_id)
,CONSTRAINT uq_m_prefectures_prefecture_name UNIQUE (prefecture_name)
,CONSTRAINT uq_m_prefectures_prefecture_name UNIQUE (prefecture_name_kana)
)

CREATE TABLE m_postal_data
(
postal_code TEXT NOT NULL
,prefecture_id INTEGER NOT NULL
,municipality_name TEXT NOT NULL
,municipality_name_kana TEXT NOT NULL
,town_name TEXT NOT NULL
,town_name_kana TEXT NOT NULL
,CONSTRAINT pk_m_postal_code PRIMARY KEY (postal_code)
,CONSTRAINT fk_m_postal_data_prefecture_id FOREIGN KEY (prefecture_id) REFERENCES m_prefectures(prefecture_id)
)

m_postal_data テーブルの prefecture_id カラムが、m_prefectures テーブルの prefecture_id カラムを参照しています。

テーブル作成後・・・
・m_postal_data テーブルの[外部キー]タブを開いても、外部キーが表示されていません。
・ER図のリバース生成を行うと、リレーションシップの線が表示されません。

ただし、制約自体は出来ているようで、m_prefectures にデータ未登録のまま、m_postal_data に INSERT しようとすると、”FOREIGN KEY constraint failed” となります。