馬渡さんこんにちは。
本来、A5:SQL Mk-2 は OLE DB プロバイダやODBCドライバを使用して接続するツールですが、これの定義に互換性がありません。このためx86版とx64版で別々に設定を持たせていますが、OLE DB プロバイダやODBCドライバを使わなければ、特に互換性に問題はないはずです。
レジストリエディタで \HKEY_CURRENT_USER\Software\mmatsubara\A5M2(x86) 配下をエクスポートし、テキストエディタで、\HKEY_CURRENT_USER\Software\mmatsubara\A5M2(x86)
を全て \HKEY_CURRENT_USER\Software\mmatsubara\A5M2(x64)
に置換してそれをインポートすれば移行できるはずかと思います。